【摘 要】
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帕金森病的病因病机复杂且不清楚,遗传因素发挥的作用在帕金森的发生发展中不可或缺.本研究从NCBI数据库搜索帕金森病的致病基因668个,使用String构建并可视化帕金森病基因网络,得到一个614个节点,9376条边的中心放射性网状网络.然后使用3种Cytoscape中常用的划模块插件将帕金森病基因网络划分成模块网络,通过网络结构熵来评价模块的稳定性,结果发现MCODE cluster划分的15个模块熵值最小,为4.16679.使用DAVID数据库分别对帕金森病基因网络和模块网络进行功能富集分析,分别得到7
【机 构】
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北京中医药大学中医学院,北京,100029;中国中医科学院中医临床基础医学研究所,北京,100700;北京中医药大学国家中医体质与治未病研究院,北京,100029;北京中医药大学中药学院,北京,100
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帕金森病的病因病机复杂且不清楚,遗传因素发挥的作用在帕金森的发生发展中不可或缺.本研究从NCBI数据库搜索帕金森病的致病基因668个,使用String构建并可视化帕金森病基因网络,得到一个614个节点,9376条边的中心放射性网状网络.然后使用3种Cytoscape中常用的划模块插件将帕金森病基因网络划分成模块网络,通过网络结构熵来评价模块的稳定性,结果发现MCODE cluster划分的15个模块熵值最小,为4.16679.使用DAVID数据库分别对帕金森病基因网络和模块网络进行功能富集分析,分别得到76条和100条通路,有69条重叠通路,覆盖率高达90.79％.通过模块富集结果发现了31条PD的新的可能的通路,使用PubMed数据对这与帕金森病关联的31条通路进行文献验证,发现23 (74.2％)条通路已被文章证明与帕金森疾病有关,8条未验证通路或将成为下一步探索和研究的重点.本研究体现出模块分析尽管筛选掉一些基因靶点,但大部分的生物学功能被保留,并且会发现潜在的相关通路.模块的优越性也为后期疾病与药物的关联提供依据,是中药选择和新药开发的前行探索.
其他文献
本研究以斑茅(Saccharum arundinaceum)野生种中抗旱性较强的\'斑茅90-14\'和抗旱性较弱的\'斑茅82-53\'为供试材料,利用转录组测序技术构建干旱处理后的斑茅差异基因表达谱,并筛选出了1个上调表达的WRKY基因.通过荧光定量PCR检测该WRKY转录因子基因在2个供试斑茅材料伸长期的表达模式,结果表明该基因均受干旱诱导上调.利用转录组数据得到的序列片段,结合RT-PCR技术克隆到该基因,命名为SaWRKY,NCBI登录号为MH745130.1;对其进行同源序列比
共表达网络分析是利用海量生物学数据研究基因表达模式与功能关系的重要方法.在共表达网络中,具有相同表达模式的基因可能也具有功能上的一致性,这为我们提供了发掘未知基因功能信息的理论基础.本研究整合了60个玉米(Zea mays)和40个高粱(Sorghum bicolor),组织的转录组测序数据,首先在每个物种内利用全数据集和子集分别构建共表达网络,以测试所选样本数量对于共表达基因网络构建的影响;然后搜寻物种间成对的直系同源共线性基因,并利用其中一个物种的基因模块信息将另一物种的模块分割成在功能上更细的子模块
为了观察番木瓜叶提取物(Carica papaya leaf extracts,CPL)对于兔离体十二指肠平滑肌收缩的影响,并探讨其作用机制,以生物信号采集系统记录终浓度分别是1.0、1.5、2.0、2.5 g/L的CPL对兔离体十二指肠平滑肌收缩运动的影响;并观察将CPL分别与肠动力激动剂(乙酰胆碱和组胺)和肠动力抑制剂(肝素和阿托品)相互作用后十二指肠收缩曲线的变化.结果 表明,CPL作用的最适药物浓度为2.0 g/L;在乙酰胆碱和CPL共同存在时CPL对平滑肌作用效果被抑制(P＞0.05);CPL与
记述产自中国广东和海南的靓毒属1新种:弯带靓毒蛾Nygmia sinustriata Xie & Wang sp.nov.,提供新种的鉴别特征、成虫和外生殖器图.“,”One new species in the tussock moth genus Nygmia Hübner,N.sinustriata Xie & Wang sp.nov.,is described from Hainan and Guangdong Provinces,China.Diagnosis for the new speci
在以往的研究中发现,冠状病毒的S蛋白对其入侵宿主细胞起着决定性的作用.本研究从美国国立生物技术信息中心(national center for biotechnology information,NCBI)获取SARS-CoV-2 S蛋白基因的核苷酸序列及其编码蛋白的氨基酸序列,利用DNAMAN、DNAstar、Mega 7.0及一些在线分析预测网站对S蛋白进行生物信息学分析.结果 表明,SARS-CoV-2与SARS-CoV的S蛋白同源性较高,推测两种毒株的S蛋白结构与功能具有相似性.S蛋白含有信号肽序
为了探讨不同年龄女性体外受精胚胎发育规律,为高龄不孕妇女治疗提供参考.本研究回顾性分析2016年1月至2018年12月广西壮族自治区人民医院生殖中心的2270个体外受精-胚胎移植(in vitro fer-tilization embryo transfer,IVF-ET)周期,将研究对象按年龄分为4组(A组:≤30岁;B组:31～35岁;C组:36～40岁;D组:≥41岁)比较各年龄段女性行IVF-ET治疗的卵子受精、胚胎发育及妊娠结局等情况.结果 表明随着女性年龄增加,获卵数逐渐下降,受精率、＞2PN
记述中国云南树甲属1新种,即独龙江树甲Strongylium dulongjiangense sp,nov.,此新种以翅黄色且体无毛而区别于其它种.附有云南树甲属种类目录和S.rufipenne种团中国种类检索表.“,”One new species of the genus Strongylium from Yunnan,China,S.dulongjiangense sp.nov.,is described.This new species is unique due to the yellow el
肺纤维化影响了全球约五百万人的健康,但人们对此疾病的发病机制仍知之甚少.本试验发现,LyzM谱系细胞尤其是肺中的巨噬细胞在肺纤维化中起重要作用.谱系追踪试验表明,LyzM-Cre标记巨噬细胞和Ⅱ型肺泡细胞(type Ⅱ alveolar cells,AEC Ⅱ),但不标记肌成纤维细胞或脂肪成纤维细胞.在博来霉素(bleomycin,BLM)诱导的肺纤维化模型中,巨噬细胞数量增加,但AEC Ⅱ细胞没有增加,而且在肺中出现了mTOR信号的激活.使用LyzM-Cre小鼠删除编码mTOR抑制剂的Tsc1,导致巨噬
基于加权基因共表达网络(weighted gene co-expression network analysis,WGCNA)分析妊娠期糖尿病胎盘组织mRNA与孕前体重指数(Pre-pregnancy body mass index,BMI)的相关性.寻找胎盘糖、脂代谢的关键基因,探索妊娠期糖尿病防治的新靶点.2018年5～7月纳入广西壮族自治区妇幼保健院新阳院区孕妇39例,妊娠期糖尿病组18例,健康对照组21例.收集孕妇病历资料、胎盘组织、脐血样本.通过胎盘组织mRNA测序,进行基因网络与临床指标相关性
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