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大多数分枝杆菌普遍存在于地球的土壤和水中，其中绝大多数对人和动物无毒、无害。很多分枝杆菌由于能够固氮、分解其它有机物供其它微生物代谢使用，所以它们对其它生物是有益的，只有少数几种分枝杆菌对人和动物致病。从历史上来看，微生物被划分为分枝杆菌是由于它们生长非常缓慢并且具有抗酸染色的特性。这些特性对分类非常重要，但这些性质的内在确切机制仍不十分清楚。自从两种重要的致病分枝杆菌一麻风分枝杆菌和结核分枝杆菌被分离后，对分枝杆菌的化学组成、细胞壁结构、代谢能力、抗原决定成份、致病机制等有了一些了解。