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选取均匀分布在水稻12条染色体上的48对SSR引物,对28份我国杂交水稻主要不育系进行了多样性和遗传结构分析。在所分析的48个位点中,多态性位点41个,多态性位点百分率(P)为85.4%;每1个位点平均等位基因数(A)为3.5,变幅2~6个;平均基因多样性指数(HP)和平均多态性信息含量指数(PIC)分别为0.40和0.36。AMOVA分析表明,不育系遗传变异主要存在于各选育时期内,时期间的遗传变异仅占总变异的3.3%,且未达到显著水平。基于模型的遗传结构分析表明,我国三系杂交稻主要不育系多数含有相近血缘