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发现新基因及其相关功能不仅可靠特定目的基因（编码区）查找软件，而且还可以通过检索主要数据库，通过一定的程序发现与基因表达相关的特殊位点，如启动和剪切位点等，现在还没有一个软件包能包含所有这些必要的工具。本文将描述几种主要的工具，介绍它们的工作原理、优点和局限，以及如何综合利用多个工具所得的结果，最优地辅助基因识别。