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由于环境微生物的可培养性差，传统的培养技术能分离培养的微生物只占环境微生物总数的0.1％一10％，因此，传统的培养技术不适用于环境微生物群体组成和结构的分析。近年来，人们运用微生物生物化学分类的一些生物标记来进行环境样品中的微生物种群和多样性分析 ，包括微生物醌指纹法 、脂肪酸指纹法 和核酸指纹法。其中核酸指纹法在分子生物学技术中得到广泛的应用。本文介绍了分子生物技术概况，分析了分子生物技术在环境工程微生物中的应用。