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医疗保险与医院的结算方式在一定程度上会影响医院的行为，南京市医保中心从2001年采用的单元标准加高额费用补偿方式的结算，由于存在补偿机制不透明、医疗结算资金到位不及时、医院超支基数大、医疗费增长超过基金增长的问题。在2006年5月调整推出了按控制指标结算的方式。该方式对人均医疗费用（含自费部分）进行定额管理，超出定额范围由医院自行承担。将对三级医院加强内部管理、遏制过度医疗、规范医疗行为产生种种影响。