【摘 要】
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目的 比较HAPGEN2、gs 2.0和GWAsimulator2三种方法在仿真单核苷酸多态性(SNPs)数据时的效能差异,为以后使用SNPs数据仿真方法提供指导. 方法 以真实人群SNPs数据作为原始数
【机 构】
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哈尔滨医科大学卫生统计学教研室,黑龙江哈尔滨,150081
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目的 比较HAPGEN2、gs 2.0和GWAsimulator2三种方法在仿真单核苷酸多态性(SNPs)数据时的效能差异,为以后使用SNPs数据仿真方法提供指导. 方法 以真实人群SNPs数据作为原始数据,利用三种方法分别生成仿真数据,通过连锁不平衡模式和最小等位基因频率评价仿真效能,并通过x2差异位点评价致病位点的设置效能. 结果 HAP-GEN2仿真连锁不平衡模式的能力优于gs 2.0和GWAsimulator2,gs 2.0和GWAsimulator2仿真最小等位基因频率的能力近似且均优于HAPGEN2,三种方法均能良好的设置单致病位点. 结论 三种SNPs数据仿真方法均有优劣,用户可根据实际需求选择合适的仿真方法.
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