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2006年9月17-23日，全国人大常委会副委员长、中国科学院院长路甬祥亲自带队，在沿海省市与地方政府签署协议，共建了5个新的研究所。此次与地方共建研究机构是中科院进入知识创新工程三期面向国家战略需求主动调整科技布局的重要举措之一、“是更好地衔接中科院创新能力建设与国家创新体系、区域创新体系建设的需要，是提升我国自主创新能力，支撑发展、引领未来能力的需要”。经过知识创新工程一期、二期的调整，中科院院属法人研究机构由1997年的123个调整为2005年底的90个，“过去我们主要是通过调整、整合、撤并和转制，