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本文通过对军民融合纳入高校“双一流”建设存在的障碍分析，发现体系分割、军民分离格局尚未完全打破、科技成果军民双向转化不畅等是影响高等教育与军民融合协同创新体系的重要因素。并对高校如何借助双一流建设，推进军民深度融合育人新模式，分别从高校的“双一流”学科建设、高校产业与国防科技工业的融合等两方面提出建议。