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人类基因组中一半的基因可以在中枢神经系统中表达，其中约20％的基因仅在中枢神经系统中表达，许多神经系统疾患不仅有特异基因产物的表达异常，更表现为蛋白质之间的相互作用。大部分中枢神经系统疾病为多因素共同作用，通过比较正常人与患者、不同疾病的患者、及同一疾病不同严重程度的患者，甚至同一患者不同时期及治疗前后蛋白质表达，可以找到与疾病密切相关的疾病特异性蛋白（disease—specificproteins，DSPs），对其进行发病机制研究。