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抑郁症是以显著和持久的抑郁症状群为主要临床特征的一类心境障碍。肠道菌群在抑郁症的发生中扮演了重要角色。抑郁症患者的肠道菌群组成和健康人存在巨大差异，通过粪菌移植的手段可以将抑郁表型转移到啮齿动物身上。肠道菌群异常导致抑郁的机制非常复杂，目前认为微生物-肠-脑轴在肠道菌群和大脑的双向交流中发挥了重要作用。已发现一系列益生菌、益生元具有抗抑郁的特性，相关的微生物疗法有望成为未来治疗抑郁症等精神疾病的重要方法。