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贾第鞭毛虫和隐孢子虫是水源中普遍存在的寄生原生动物，其高致病性严重威胁着水质安全。因此对水体中的两虫情况进行监测，了解其污染现状。这里使用EPA1623免疫荧光分析方法对某江流域进行贾第鞭毛虫和隐孢子虫的现状调查，并分别在丰水期和枯水期对某市6个水厂的水源水和出厂水进行贾第鞭毛虫和隐孢子虫的检测研究。结果表明，某江流域及各水厂源水均存在原虫污染情况，所有出厂水样本均未检出贾第鞭毛虫孢囊或隐孢子虫卵囊，说明经过水厂净水处理后自来水中两虫的去除率还是符合出厂水要求的。