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20世纪70年代前，生物类群的区分主要是根据形态和结构、生理和生化特征、行为习性表现以及少量的化石资料来进行的。这种通过表型特征鉴定的方法对细菌之问的亲缘性判断有时不够准确。随着分子生物学的发展，人们开始利用生物大分子特别是蛋白质和核酸的结构特征，作为判断生物进化关系的主要特征。其中Woese等通过寡核苷酸编目的方法，在20世纪70年代逐渐发展出1种新的鉴定细菌的标准，即通过比较1段稳定的遗传编码——16S rRNA基因序列来分析和鉴定细菌的种系发生关系，判断其亲缘性，对细菌进行分类。