【摘 要】
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为了在辣椒中开发EST-SSR功能性标记,对来源于NCBI公共数据库中EST序列进行简单重复序列搜索,共获得了非冗余序列110 396条和6 182个EST-SSR,平均每相隔11.23 kb/SSR。在所有
【基金项目】
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江西省教育厅科技项目(GJJ161243);南昌师范学院11531工程项目共同资助
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为了在辣椒中开发EST-SSR功能性标记,对来源于NCBI公共数据库中EST序列进行简单重复序列搜索,共获得了非冗余序列110 396条和6 182个EST-SSR,平均每相隔11.23 kb/SSR。在所有的650种重复基序中,二核苷酸重复基序的SSR所占比例最高为45.6%,其次是三核苷酸(30.2%)和六核苷酸(16.3%)。其中,GA/TC出现的频率最高有767次,占全部重复基序的12.41%(767/6 182)。在收集获得的6 182个EST-SSR位点中,共设计出5 874对引物,并随机合成了30对引物进行SSR位点扩增,其中27对扩增出产物;24对有清晰的目标扩增条带,占引物总数的80%;且所检测出的辣椒等位基因数量丰富,平均4.93个/对。这些EST-SSR标记的开发,将有助于辣椒分子遗传的研究。
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