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目的 分析柯萨奇病毒B3（CVB3）KM06／2009全基因序列，并对其分子变异、进化特点和毒力特征进行分析。方法设计针对CVB3引物，提取病毒RNA，RT-PCR扩增和产物直接测序获得序列。利用Mega4．1、RDP3和SimPlot3．5．1等软件分析全基因序列。结果CVB3KM06／2009病毒株全基因组全长7401bp个核苷酸（nt），5’端和3’端分别为743nt和100nt的非编码区，5’和3’非编码区间为一个6558nt长的开放读码框，编码一个含2185个氨基酸的多聚蛋白，编码区内未见核苷酸的插入或缺失。与GenBank库中CVB3Nancy原型株比较，其全基因组序列核苷酸同源性为81．4％，氨基酸同源性为95．7％；与无心肌毒力的临床分离株CVB3GA比较，其全基因组序列核苷酸同源性为80．7％，氨基酸同源性为96．4％；与历史同期国内临床分离株Beijing0811、SSM、GZ0803株比较，整个基因组的核苷酸同源性分别为98．1％、89．7％和88．4％，氨基酸同源性分别为99．4％、98．1％和98．1％。基于全基因组和全长VP1核酸序列的进化树图均显示，CVB3病毒株具有明显的时空聚簇分布特征。CVB3心肌毒力相关区域5’非编码区颈环结构1／RNA二级折叠结构分析结果表明，CVB3KM06／2009病毒株具有明显的心肌毒力倾向。结论基于基因分子生物信息学分析，与CVB3临床分离株比较，KM06／2009病毒株具有明显的心肌毒力倾向。