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本刊创刊于1955年12月,是新中国成立后创刊最早的高校学报之一。创刊时刊名为《东北人民大学自然科学学报》,由著名物理学家、中国科学院院士余瑞璜教授任主编。1958年随学校名改为《吉林大学自然科学学报》,由著名化学家、中国科学院院士唐敖庆教授任主编。1966年因“文革”而停刊,1973年经国务院批准复刊,刊名为《吉林大学学报(自然科学版)》,继续由唐敖庆教授任主编。1979年经教育部科技委员会批准对外发行,同时恢复使用刊名《吉林大学自然科学学报》。