【摘 要】
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为快速鉴定黍稷(Panicum miliaceum)资源,建立大数据管理平台,为种质身份标识和溯源管理提供理论依据.本研究以来源于4个生态栽培区的130份资源为材料,基于35个高基元SSR(四、五和六碱基重复各21、10和4个)构建分子身份证.结果表明,35个标记中有30个扩增条带稳定,可用于分子身份证构建.30个标记共检出等位变异(Na)90个,平均为30个;有效等位变异(Ne)为2.3186～2.9982,平均为2.7607;Shannon多样性指数(I)为0.9158～1.0873,平均为1.047
【机 构】
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山西农业大学农学院, 山西太谷 030801;山西农业大学农业基因资源研究中心 / 农业农村部黄土高原作物基因资源与种质创制重点实验室 / 杂粮种质资源发掘与遗传改良山西省重点实验室, 山西太原 03
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为快速鉴定黍稷(Panicum miliaceum)资源,建立大数据管理平台,为种质身份标识和溯源管理提供理论依据.本研究以来源于4个生态栽培区的130份资源为材料,基于35个高基元SSR(四、五和六碱基重复各21、10和4个)构建分子身份证.结果表明,35个标记中有30个扩增条带稳定,可用于分子身份证构建.30个标记共检出等位变异(Na)90个,平均为30个;有效等位变异(Ne)为2.3186～2.9982,平均为2.7607;Shannon多样性指数(I)为0.9158～1.0873,平均为1.0472;Nei\'s基因多样性指数(Nei)为0.5687～0.6665,平均为0.6360;多态性信息含量(PIC)为0.5151～0.7898,平均为0.6966;观测杂合度(Ho)为0.5000～ –0.8678,平均为0.7168;期望观测杂合度(He)为0.5710～0.6691,平均为0.6386.基于UPGMA聚类将材料划为3个类群(I、II、III),就山西省材料而言,地方品种和育成品种分别划归类群I和Ⅲ,农家种在3个类群中均有分布.主成分分析将试材归为4类,聚类结果与其地理来源一致.基于最少标记区分最多种质的原则,剔除相似系数高的3个标记(RYW23、RYW49和RYW51),筛选其余27个标记,发现仅用17个标记组合(RYW35、RYW40、RYW37、RYW18、RYW30、RYW16、RYW20、RYW19、RYW8、RYW5、RYW3、RYW7、RYW1、RYW14、RYW9、RYW6和RYW10)可将全部材料区分.用ID Analysis 4.0、在线条形码生成器和二维码技术(http://barcode.cnaidc.com/app/html/bcgcode128.php和https://cli.im/)构建了130份资源的字符串、条形码和二维码DNA分子身份证.
其他文献
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