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针对时间交替并行采样系统通道间存在增益误差和时钟失配误差问题，提出一种误差联合测量方法。该方法利用了测试信号的特性，同时测量2种误差。与已有算法相比，算法结构简单，精度较高。同时根据时钟失配误差产生原理，设计了基于Farrow结构的分数延迟滤波器补偿算法，针对Farrow结构局限于Nyquist带宽的问题，设计了多通道的补偿结构。仿真实验表明，系统的无杂散动态范围得到明显抑制，输出的信纳比至少提高了25dB。