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根据R&D经费投入以及R&D活动的特征,构建了一套评价指标体系,运用数据包络分析方法对2010年甘肃省14个市州R&D经费投入效率进行了评价。结果表明,甘肃省R&D资源的利用效率总体不高。建议在提高科技资源配置相对有效性的基础上,注重投入与产出结构的调整,不应过分强调短期的科技直接产出,而应关注科技成果的原始创新和成果的后期转化。