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选择不同季节，采用典型样地详查和路线勘察相结合基础。调查结果表明：紫金山区域内的维管植物有173科，605属，1077种，45亚变种。珍稀濒危与特有植物资源相当丰富。其中刺桫椤、苏铁蕨、观光木、长瓣短柱茶、闽楠、白桂木、沉水樟、黑锥、野大豆、粘木、粗齿桫椤属于国家重点保护植物，还有福建稀有的植物福建绣球、美脉花楸、水蕹、粗枝腺柃、微毛山矾、福建青冈、黄樟、黄枝润楠、石笔木、短柱树参、五列木、福建冬青、崖姜蕨、藤槐、两粤黄檀、翼核果等。