【摘 要】
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目的 利用生物信息学方法,筛选前列腺癌预后的关键基因.方法 首先,从GEO数据库下载4个前列腺癌表达谱芯片数据集(GSE3325/GSE46602/GSE55945/GSE69223);其次,分别利用GEO2R、DAVID以及STRING数据库分析前列腺癌的差异表达基因(DEGs),并对差异基因进行基因本体论(GO)和京都基因与基因组百科全书(KEGG)通路富集以及蛋白质-蛋白质相互作用关系(PPI);再次,通过Cytoscape软件的Cytohubba插件EPC算法筛选关键基因;最后,利用基因表达谱交互
【机 构】
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蚌埠医学院临床医学院,安徽 蚌埠 233030;蚌埠医学院人体解剖学教研室,安徽 蚌埠 233030;蚌埠医学院数字医学与智慧健康安徽省重点实验室,安徽 蚌埠 233030
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目的 利用生物信息学方法,筛选前列腺癌预后的关键基因.方法 首先,从GEO数据库下载4个前列腺癌表达谱芯片数据集(GSE3325/GSE46602/GSE55945/GSE69223);其次,分别利用GEO2R、DAVID以及STRING数据库分析前列腺癌的差异表达基因(DEGs),并对差异基因进行基因本体论(GO)和京都基因与基因组百科全书(KEGG)通路富集以及蛋白质-蛋白质相互作用关系(PPI);再次,通过Cytoscape软件的Cytohubba插件EPC算法筛选关键基因;最后,利用基因表达谱交互分析(GEPIA)数据库对关键基因进行预后与表达分析,利用人类蛋白图谱(HPA)数据库下载TCGA数据对结果进行验证.结果 筛选出103个DEGs,其功能主要富集在血管生成、脂质代谢以及细胞分化等方面,而通路主要富集在Hippo信号上.筛选的10个关键基因中仅EDNRB对前列腺癌患者的预后有显著影响,且其低表达不利于患者预后.结论 通过生物学分析筛选前列腺癌关键基因,为其治疗提供新的分子靶点.
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