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技术创新是多样化的异质性个体企业在一定时空范围内互动作用下涌现出的系统性输出结果.基于动态面板系统GMM模型,利用2009-2018年的省际数据对中国高技术产业创新生态系统中创新种群的种内关系结构与种群创新输出功能的互动影响关系进行研究.研究结果表明:第一,技术创新种群的种群规模尚未达到对外部环境容纳量的理想水平.第二,种群密度及种群种内初级种群参数对种群创新输出功能具有较好的支撑功能,且较为稳定,但次级种群参数对创新输出功能的影响整体呈现较弱影响,具有进一步提升空间.据此,提出进一步优化种内关系结构,促进创新输出的相应对策建议.