【摘 要】
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基于串联质谱的蛋白质鉴定研究是蛋白质组学领域的重要问题,蛋白质的谱图鉴定主要包括数据库搜索和de novo测序两种策略.不同于数据库搜索鉴定方法,de novo测序的蛋白质鉴定
【机 构】
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上海交通大学生命科学技术学院,上海,200240
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基于串联质谱的蛋白质鉴定研究是蛋白质组学领域的重要问题,蛋白质的谱图鉴定主要包括数据库搜索和de novo测序两种策略.不同于数据库搜索鉴定方法,de novo测序的蛋白质鉴定直接从质谱谱图推导得到肽段序列,在鉴定新蛋白、发现翻译后新修饰、鉴定突变氨基酸等领域具有重要应用价值.随着质谱技术与计算方法的不断提升以及大规模蛋白组质谱数据的积累,多个de novo测序软件被提出,但对这些方法全面系统的评估尚未见报道.本研究通过两种不同碎裂方式——碰撞诱导解离(collision-induced dissociation, CID)和高能碰撞解离(high-energy C-trap dissociation,HCD)得到的谱图数据集上比较了3种常用de novo测序软件(Novor,pNovo3和PepNovo+),全面评估了其测序覆盖度、测序准确性、打分系统的特异性及测序速度.研究结果显示,在CID谱图鉴定中,Novor不仅可以对95％及以上的谱图进行全长肽段测序(full-length sequencing),还在测序准确性和内置打分系统特异性上都有明显优势;而在HCD谱图分析中,尽管pNovo3 鉴定率较低,但是鉴定准确率跃居最高.在运行速度方面,pNovo3也远远超过其余两种软件.因此,研究者可以按照谱图类型和自身条件和需求选择合适的鉴定软件.
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