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果树病毒病害由于其危害严重及防治困难，一直是世界植物病理学者和果树生产者所关注的一个重要问题。而果树病毒基因组的研究在了解病毒基因的结构、功能，病毒基因的致病性及病毒的准确分类等方面有着重要的作用，因此，综述了果树病毒基因组研究的意义，介绍了果树病毒基因组测序策略中病毒基因组模板的制备、测序方法及测序产物的注释等方面，并展望了果树病毒基因组测序研究的前景。