基于RNA-seq技术的罗氏沼虾(Macrobrachium rosenbergii)不同组织转录组比较分析

• 作 者: 李喜莲 顾志敏 慎佩晶 徐洋 张宇飞 高强 程海华 陈雪峰
• 机 构: 农业农村部淡水渔业健康养殖重点实验室浙江省淡水水产遗传育种重点实验室浙江省淡水水产研究所
• 出 处: 海洋与湖沼
• 发表日期: 2021年1期
• 关键词: 罗氏沼虾 转录组 RNA-seq技术 不同组织 功能基因 比较分析 Macrobrachium rosenbergii transcriptome RNA-se
• 基金项目: 国家重点研发计划蓝色粮仓科技创新专项,2018YFD0901303号,浙江省农业(水产)新品种选育重大科技专项,2016C02055-2号,现代农业产业技术体系专项资金资助,CARS-48号

罗氏沼虾(Macrobrachium rosenbergii)是我国重要的淡水虾养殖品种,为探讨罗氏沼虾不同组织基因表达差异,本研究使用Illumina Hiseq平台分析了罗氏沼虾的7个组织(眼柄、肝脏、卵巢、鳃、心脏、肌肉、精巢)转录组,质控后获得高质量的clean reads 36325476、56796932、36328098、51370140、45010606、43240160、42404294条,共计46.2 Gb的clean reads数据。测序结果经denovo组装共获得95220个Uni