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从零做起的“海归派”胡树文教授最初的研究方向是化学基础学科。1993年，他顺利考入中国科学院化学研究所，从事高分子化学领域的研究。从1993年到1999年，他在中科院化学所先后攻读了硕士和博士学位。1999年，已经获得博士学位的他并没有满足于学术上的成就，在西方学术领域进一步充实自己，成了他当时继续深造的核心理念。同年，在加拿大麦克马斯特大学，胡树文成功进入这所高校的博士后工作站，在那里深造一年。2000年，他又转战美国加州大学欧文分校，在那里从事高分子生物微流控芯片材料研发工作。