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刚出生的新生儿肠道内是无菌的，但约2 h 后，细菌迅速从口腔及肛门侵入肠道，肠道内很快就可检出肠球菌、链球菌、葡萄球菌等菌种。随着新生儿开始进食，肠道内有更多其他菌群植入，约3 d 左右达到高峰。这些定植在宿主消化道，并为宿主所必需的微生物群落统称为肠道正常菌群。肠道菌群大致分为3类：①与宿主共生的生理性细菌，为专性厌氧菌，是肠道的优势菌群（双歧杆菌、类杆菌和消化球菌），具有肠道营养和免疫调节作用；②与宿主共栖的条件致病菌，以兼性需氧菌为主，为肠道非优势菌群（肠球菌和肠杆菌）。在某些条件下如机体抵抗力低下