基因组预测中先验分布的两种超参数设定策略比较

• 作 者: 董林松 方铭 王志勇
• 机 构: 集美大学农业部东海海水健康养殖重点实验室
• 出 处: 厦门大学学报：自然科学版
• 发表日期: 2018年4期
• 关键词: 基因组选择 先验分布 超参数设定 准确性 模拟研究 genomic selection prior distribution hyper-parameter s
• 基金项目: 国家自然科学基金重点项目（U1705231）, 国家海水鱼类产业技术体系项目（CARS-47-G04）, 厦门南方海洋研究中心重大项目（14GZY70NF34）

基因组选择是通过全基因组的标记信息估计出个体的基因组育种值并加以选择的育种方法.主要围绕最佳线性无偏预测（BLUP）和贝叶斯方法展开.这些方法均在某种先验假设下进行,因此需要对先验分布的参数进行设定.依据设定先验超参数的原理,探讨了对单核苷酸多态性（SNP）基因型进行与不进行标准化两种策略下先验超参数的设定方法,并利用QTLMAS2012的模拟数据,分别计算了7种预测方法（岭回归BLUP（RRBLUP）、BayesA、BayesB、BayesCπ、快速BayesB（FBayesB）,快速混合正态分布（FM