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目的:探讨我国县级疾病预防控制中心(简称"疾控中心")效率的影响因素。方法:全国系统抽样选取458个县级样本疾控中心,运用多水平模型对2012年数据进行分析,明确区域层面(高水平)和机构层面(低水平)因素对机构效率的影响。结果:我国县级疾控中心的效率在省份间存在聚集性,区域层面的人口密度对机构效率存在影响,机构层面中卫生技术人员比例、人均服务收入、人均实验室面积对效率有显著影响。结论:区域层面和机构层面的因素均对效率产生影响,多水平模型有助于全面认识我国疾控中心效率的影响因素。