【摘 要】
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基因和异构体表达水平的差异检测是获取基因和异构体功能的重要途径,目前差异检测已经是转录组研究中一个重要的研究方向.RNA-seq技术近年来被广泛用于差异基因的检测.为模拟
【机 构】
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南京航空航天大学计算机科学与技术学院
【基金项目】
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国家自然科学基金(61170152);中央高校基本科研业务费专项(CXZZ11_0217)
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基因和异构体表达水平的差异检测是获取基因和异构体功能的重要途径,目前差异检测已经是转录组研究中一个重要的研究方向.RNA-seq技术近年来被广泛用于差异基因的检测.为模拟读段的非均匀分布,通常采用负二项分布对读段计数进行建模.现存的负二项分布模型大都是直接对基因读段计数进行建模,不能进行差异异构体检测.提出基于PGseq模型计算出的基因和异构体表达水平的负二项分布模型,采用exact test方法进行差异分析,解决了异构体的差异检测的问题.经实验验证,该方法在基因和异构体两方面的差异检测中都具有较高的准确
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