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本文对五种群体遗传学数据分析软件FOPGEN32、ARLEQUIN、PHYLIP、MEGA、TREEcON从功能、可处理数据类型、数据输入难度、支持的操作平台、操作简易性、处理结果的直观性以及是否需要辅助软件等进行了比较。得出ARLEQUIN和MEGA使用简单、功能强大,适合群体遗传研究人员使用。