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动物（包括人）的大肠部分正常情况下共生着细菌菌群，它们对维持所栖息动物的健康有重要意义。滥用抗生素造成菌群的混乱会引起肠道功能紊乱，如腹泻、肠道呼吸障碍等，甚至更严重的疾病和后果。建立动物模型，分析肠道菌群与代谢营养的关系，是肠道生态基因组学的重要课题，它所建立的平台，为研究健康食品、保健品和个体健康指标提供了新的技术支撑。