转录因子结合位点识别算法的研究

• 作 者: 王峻 郭茂祖
• 机 构: 哈尔滨工业大学计算机科学与技术学院
• 出 处: 电子学报
• 发表日期: 2007年B12期
• 关键词: 转录因子结合位点 模体 基于字串 期望最大化(EM)算法 吉布斯采样 transcription factor binding sites motif wo
• 基金项目: 国家自然科学基金（No.60741001,No.60761001,No.60671011）,国家863高技术研究发展计划项目基金（No.2007AA012171）,黑龙江省杰出青年科学基金（No.JC200611）,黑龙江省自然科学重点项目基金（No.ZJG0705）,哈尔滨工业大学校基金（No.HIT.2003.53）

转录因子结合位点的识别是生物信息学中的一个重要领域．本文从计算机等信息科学的角度，对转录因子结合位点的识别方法进行了综合分析，包括该问题的生物学意义、主要算法思想以及每种算法的优缺点．使用TRANSFAC数据库中几组样例对具有代表性的6种主要软件进行测试，对其结果进行了详细地比较分析．最后，在总结分析现有算法的基础上探讨了该领域进一步的研究方向．