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将纯化的番鸭细小病毒（ＭＰＶ）在电镜下观察，呈球形或六角形，无囊膜，正二十面体对称，大小为２４～２５ｎｍ壳粒呈中空管状，直径约３～４ｎｍ，壳粒数为３２。病毒无血凝性，对氯仿，乙醚、胰酶、酸和热不敏感，对紫外线敏感。ＭＰＶ在氯化铯中沉淀时具有３条区带，其密度分别为１．２８～１．３０，１．３２，１．４２ｇ／ｃｍ＾３，其中第３条矍有感染性。病毒具有４种结构多肽：ＶＰ１（８９ｋｄ），ＶＰ２（６８ｋｄ），Ｖ