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肌肉系统和骨骼系统一起构成运动系统，所有内脏的活动（如消化管道和泄殖管道的蠕动、血液的流动、横膈的升降等）以及动眼、动耳、竖毛等动作，无一不是肌肉收缩与舒张的结果。脊椎动物的肌肉可分为骨骼肌（或称横纹肌）、平滑肌和心肌三大类。骨骼肌是由中胚层的上板变成的肌节而形成的。平滑肌和心肌则是来自中胚层侧板的脏壁层。根据骨骼肌着生部位的不同，又可分为体壁肌、鳃节肌、附肢肌和皮肤肌。其中的体壁肌、鳃节肌和附肢肌在各纲脊椎动物中的变化，是颇有进化意义的。