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按照主体功能区分类管理的区域政策，限制开发区与优化开发区及重点开发区相比，其产业发展受限，为实现主体功能还需承担一定成本，相应地也要求给予一定的经济补偿。从生态功能区的视角，建立生态补偿受益双方的博弈模型，并根据对区域收入不均衡时纳什均衡的不同结果分析表明，在建立主体功能区生态补偿机制时，应由承担生态功能的限制开发区进行生态环境保护，并由优化开发区等区域进行相应的生态补偿。