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CpGODN被发现于BCG的提取物中,它在原核生物、病毒基因组中的出现频率为1/16,而在脊椎动物中出现频率相对很低且80%胞嘧啶第五位碳原子被甲基化。这种显著差异使CpG成为免疫刺激信号的基础,使机体辨别自身与病原DNA,从而触发一系列免疫防御机制,包括激活多种免疫细胞、诱导分泌不同细胞因子及免疫球蛋白等。