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为了明确土壤微生物对间作体系的响应，本研究基于粮草(药)间作定位试验，运用Biolog方法研究间作种植模式下土壤微生物功能多样性特征。结果表明：小麦(Triticum aestivum) || 菘蓝(Isatis tinctoria)间作模式可提高土壤微生物碳源利用能力，其AWCD值在0–10 cm、10–30 cm土层分别高于小麦单作26%、29%(培养96 h)，且在10–30 cm土层两者差异显著(P < 0.05)，土壤微生物利用基质碳源的能力随着土层深度增加而逐渐降低；与小麦单作相比，间作可以显著提高McIntosh指数和Richness指数，尤以小麦 || 菘蓝间作效果显著(P < 0.05)；与单作小麦相比，小麦 || 菘蓝间作可提高0–30 cm土层土壤微生物对六大类碳源的利用强度，间作体系增强了土壤微生物群落稳定性；糖类碳源的变化在影响土壤微生物群落功能多样性方面起主导作用。间作种植模式可以提高土壤微生物生理活性，促进对土壤碳源的利用，小麦 || 菘蓝间作效果明显。