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杨梅根瘤的横切面是圆形、对称的,含菌组织位于皮层的中部。未成熟根瘤的感染细胞充满内生菌丝。内生菌丝是分枝。具隔膜的Frankia菌。成熟根瘤中,内生菌丝顶端膨大形成无隔膜、表面光滑、球形的泡囊,直径比菌丝直径大,内含有某种内含物。泡囊的大量出现可能是固氮活力提高的标志,成熟壮瘤的固氮活性比幼瘤和衰老瘤的高。