马铃薯StSnRK2.2基因克隆与生物信息学分析

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以马铃薯‘陇薯3号’(Solanum tuberosum)为试材,采用RT-PCR方法从马铃薯cDNA中克隆得到一个SnRK(Sucrose non-fermenting 1-related protein kinase)基因,命名为StSnRK2.2,提交GenBank注册,注册号为JX280912。通过生物信息学分析,该基因开放阅读框全长1 020 bp,编码339个氨基酸,蛋白质分子量为38.33 kDa,等电点为5.93,α-螺旋43.36%,延伸链16.22%,β-折叠6.78%,无规则卷曲33.63%,无信号肽、不跨膜,是一个膜内蛋白。亚细胞定位分析预测主要存在于细胞核中。氨基酸序列同源性比较发现,马铃薯StSnRK2.2基因与其他目前已报道的抗逆效果显著的SnRK2家族基因具有较高同源性,同烟草PK11-C5基因的同源性最高,相似性达90.56%,在系统进化树中处于同一进化分枝上。并通过分析得到该基因具有13处丝氨酸磷酸化位点、4处苏氨酸磷酸化位点和4处酪氨酸磷酸化位点,可能与植物体内Ser/Thr蛋白激酶有关,因此,推测该基因属于SnRK2基因家族成员,可能在参与逆境胁迫反应、增强植物的抗逆性中起着重要作用。
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