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消化道菌群对维持消化道机能有重要的调节作用.消化道菌群研究方法可分为两种,即微生物方法（分离培养）和分子生物学方法（基因分析）,这两种方法各有利弊,分离培养仍然是基本和广泛使用的方法,但只能够检测生长在培养基上的细菌.对于整个消化道的微生物准确的定量和定性分析还有赖于基因分析方法.因此,这两种方法结合将成为了解消化道细菌的生态系统的关键.论文综述了消化道菌群的种类、分布、作用和研究方法,为消化道菌群研究提供参考.