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云南省烟草科学研究所创建于1955年，1990年划归云南省烟草专卖局（公司）领导和管理。1995年国家烟草专卖局在云南省烟草科学研究所育种研究室的基础上组建了中国烟草育种研究（南方）中心，与云南省烟草科学研究所合署办公。2004年云南烟草工商分设，划归云南省烟草公司领导，恢复原名云南省烟草科学研究所，内部机构设置有：办公室、财务科、科研管理科、育种研究中心、农艺研究中心、科技推广中心、分析测试中心、信息中心。