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天祝古城保护站地处祁连山国家级自然保护区东端,位于天祝藏族自治县西南部,属黄河流域上中游地区,整体地形自西北向东南呈长方形,长约40余公里,宽约20公里。林业用地75万亩,林业用地中,有林地30万亩、疏林地0.29万亩、灌木林地43万亩、未成林造林地0.02万亩、宜林地0.9万亩,森林覆盖率42.7%,林木绿化率58.6%,活立木蓄积量165万立方米。