【摘 要】
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旨在筛选和分析禽源Klebsiella variicola引起宿主血流感染的转录组单核苷酸多态性(SNP)位点.采用转录组学测序(RNA-Seq)技术比较了Klebsiella variicola在LB肉汤培养基和SPF
【机 构】
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安徽省农业科学院畜牧兽医研究所安徽省畜禽疫病研究中心畜禽产品安全工程安徽省重点实验室,安徽合肥230031
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旨在筛选和分析禽源Klebsiella variicola引起宿主血流感染的转录组单核苷酸多态性(SNP)位点.采用转录组学测序(RNA-Seq)技术比较了Klebsiella variicola在LB肉汤培养基和SPF鸡血清中的转录组SNP,筛选出Klebsiella variicola在宿主血清中生存和发展相关的SNP位点,对筛选出的SNP的碱基变异类型和所在位置类型进行注释分析,同时对筛选出的SNP位点对应的基因进行GO富集和KEGG通路富集分析,进一步探究其功能和涉及的生物信号通路;此外,随机选取7个位于富集通路中的基因,通过荧光定量PCR比较LB组与SPF血清组各基因mRNA转录水平.结果 显示,相较于LB培养条件下,在血清中的Klebsiella variicola共获得143 682个SNP位点,其中检测到单个碱基的转换(transition)有100 790个,颠换(transversion) 42 890个,转换类型总数极显著高于颠换类型总数(P＜0.01).此外,对获得的SNP位点所在区域进行统计发现SNP主要集中在外显子区域(131 093个).筛选出的SNP位点对应的基因主要富集在ABC转运蛋白,二元调控系统,群体感应系统,脂多糖的生物合成等通路.荧光定量PCR结果表明相较于LB组,SPF血清组中的基因mRNA转录水平显著上调(P＜0.01).结果 表明,本研究对禽源Klebsiella variicola在宿主血液环境中生存和发展的分子机制进行了初步分析和探索,为进一步研究Klebsiella variicola的致病机制提供理论依据.
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