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众多的基因数据形成了海量的基因数据环境,在复杂的基因关系中准确建立基因数据的关联关系,对疾病的诊疗至关重要.传统的Apriori算法受到基因数据海量、基因数据关联复杂的影响,导致效率降低.本文提出改进的Apriori算法应用在基因表达数据中,首先减少生成的频繁项集,来减少剪枝中判断数据的数量,从而节约了大量的时间.通过实验数据的计算验证了本算法的有效性.