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“日本新冠肺炎确诊病例正在明显地增长，在过去72小时，全国新增超过650个确诊病例，平均每天增加200个。”4月3日，美国驻日本使馆向在日本的美国公民发出警告。“住在美国但现在人在日本的美国公民应该现在马上安排行程回到国内，除非他们打算在海外停留，不确定会是多长的时间。”
美国并非第一个公开对日本疫情表示担忧的外国政府。3月底，德国驻日本使馆罕见地发表严厉措辞，“日本的官方感染率数字不能被当真，因为低筛检率，非常可能有一个很高的确诊病例数未被揭露。”
将近两个月的时间，全世界病毒专家的疑问或许快出现答案了。日本佛系防疫是否真有效控制住了疫情？日本会是例外吗？
日本1月中旬报告第一例确诊病例以来，确诊病例增速远低于其他国家，而且与去年同期相比，全国死亡人数也没有出现异常增长，日本的疫情发展让外界感到困惑。截至5月6日，日本本土确诊病例为15477例，其中东京4748例、大阪1698例，排在地方政府前两位。
日本疫情的扑朔迷离源于日本社会和政府与其他国家大不相同的习惯和文化。日本社会勤于戴口罩、与人保持距离，但日本政府严格管控筛检，导致筛检率太低，也没有强力执行让民众保持社交隔离的措施，这让日本疫情发展模型与其他国家不尽相同，外界雾里看花。
专家和医界人士批评安倍晋三政府为确保2020年东京奥运会能如期举办，选择通过低筛檢率来降低确诊数字，以维持疫情得到控制的假象。
对此，厚生劳动省大臣加藤胜信严重否认，他强调奥运会的推迟和确诊人数之间绝对没有联系。
但蹊跷的是，日本的确诊病例在国际奥委会3月24日宣布延期一年后开始直线上升。3月28日新增203例、3月30日东京单日增加68例，在日本受欢迎数十年的喜剧演员志村健在确诊10天后过世，他身边友人表示，“他死前都不知道自己感染了新冠病毒。”志村健的过世，对日本社会而言或者是一叶知秋，全日本的疫情开始延烧。
不少专家警告，日本的确诊病例可能只是冰山一角，接下来可能面临爆发式增长。
4月1日，日本一个医生团体召开“医疗系统危机”记者会，呼吁安倍政府尽快宣布国家进入紧急状态，同时呼吁民众配合遵守防疫措施，否则日本大城市的医疗系统将面临崩溃。
“你可以看得出来，我们（的疫情）马上将进入无法辨识大城市传染途径的阶段。”一名位于日本关西的病毒专家对《财经》记者表示。
日本疫情升温和扩大筛检之间有多大关系仍然无从验证。尽管世界卫生组织的防疫指导指出，大规模筛检应该是各国防疫的第一步，但日本政府自疫情一开始就没打算遵循这个原则。
根据日本厚生劳动省统计，至4月3日，东京1350万人中只有3000多人接受过筛检;日本全国1.25亿人的筛检总量也仅有39466人。相较之下，人口数为5100万的韩国至4月3日已经对44万人次进行了筛检。至3月中旬，日本只动用了其筛检能力的六分之一。
全国的筛检门槛和筛检地点由安倍晋三主持的防疫会议在1月底讨论制定。负责执行的是日本国立传染病研究所（NIID）和分布在全国的83家公立医院。只有这些被指派负责处理疫情的医院有权获取筛剂，对疑似患者进行筛检。
至2月中旬，日本筛检的主要对象仍然仅限于有湖北旅游史或接触了具湖北旅游史的疑似病例，特别是自武汉撤离的日本侨民。接着，停靠在横滨外海的“钻石公主”号邮轮上3600多名乘客成为筛查重点。由于标准太过严苛，安倍在2月12日宣布筛检范围些微扩大到地方政府认定的疑似病例。同日，日本传染病研究所也放开私营检测机构参与执行筛检，扩大筛检能力。
习惯标准化作业的日本政府，2月16日由安倍首次主持召开新冠病毒专家会议，为筛检和治疗再次制定国家标准。参会的医疗专家考虑日本医疗资源，为筛检设立了一个正式的高门槛——同时具感冒症状且连续4天发烧（高过37.5摄氏度）的病人，或具慢性病老年人和孕妇如果感觉非常疲倦且呼吸困难超过2天，才能接受筛检。
在高门槛下，2月18日-24日，防疫单位总共筛检了6300例，如此严格的标准，导致很多发烧甚至已出现肺炎症状的病人无法得到检测，媒体将这些人称为“筛检难民”。很多医生因为无法替病人争取到筛检机会感到沮丧。日本医疗协会因而宣布将进行全国大调查，以图化解筛检的供需矛盾。
筛检范围到底应该多大在日本是个争论不休的问题，关键因素是日本死亡率并不高，如果只是轻症，防疫部门认为患者应该待在家里自行康复即可。部分专家认为，扩大筛检的意义不大。东京大学客座研究员久住英二指出，因为目前缺乏治疗的特效药，筛检对疾病的治疗没有决定性意义。曾经批评日本政府处理钻石公主号不当的日本神户大学传染病学教授岩田健太郎也指出，如果对每个轻症患者都进行筛检，日本医疗体系将无法负荷。
日本国立传染病研究所也解释称，严格的筛检门槛是为了将有限的医疗资源留给那些真正需要紧急救护的病例。厚生省官员佐原康之随后也为政策辩护，“有那个检测能力不表示我们需要全部用上……没必要给那些只是担心的人做筛检。”
严格控制筛检只是安倍主持的专家会议防疫政策的一部分。自第一个病例确诊6周后，2月24日的会议将日本的防疫目标设定为：避免大型群聚感染，降低重症病患的死亡率;同时考虑政府无法阻止人传人的情形下，试着减缓传播速度。
日本政府隔日以这些结论发布了“控制新型冠状病毒基本政策”，该政策要点包括：第一，地方医疗机构应建议有类似感冒症状的轻症患者在家中床上休息，避免到任何诊所和医院;具慢性病的老年高危人群也应避免到访任何医疗机构;第二，考虑到原本指派的专职机构负荷过重，疫情严重地区的其他医院也能接收疑似病患;第三，民众如果有感冒症状一定要待在家中避免出门，政府鼓励企业让员工在家工作，同时希望企业能取消大型活动。 在此政策下，2月25日厚生劳动省成立“感染源应对组”，由国立传染病研究所、北海道大学和东北大学组成。一旦地方政府发现感染源，该应对组就会前往调查，之后提出阻断感染源的措施建议。
但是，该调查组成立一个月后，在3月底发表第一份报告指出，无症状感染者导致完全分析出感染路径和排查可能相关接触人员困难重重。主导应对组的东北大学医学院教授押谷仁指出， 3月中旬因为欧美国家疫情暴发的影响，日本瞬间从相对顺利的第一阶段防堵进入难以排查的第二阶段。到3月底，想了解全日本的感染状况，只有对全部的人进行筛检。唯有尽早确认病例，尽早排除可能形成的传播链条才有可能控制住疫情。
日本政府看似不严厉的防疫措施饱受批评，不过外界没有理解的是，政府并不具备随意执行强力防疫措施的权力。
不同于其他政府和社会，出现各种突发意外和紧急事件时，日本社会要求每个人应该“自肃”（自我约束），但是政府并没有限制国民行动的权力。日本政府抗疫的每一步都需要考虑法律授权，政策制定过程由首相召开专家会议，接着设定各种机制让全国有遵循标准。
日本是中国以外最早发现确诊病例的国家之一。首个病例是一名曾到访过武汉的中国籍人士，1月6日回到日本，在1月10日-15日间检测呈阳性。安倍政府在1月24日即召开高级别内阁会议研拟对策。
政府的第一步是在《传染病控制法》下定义新冠肺炎为法定传染病的地位，如此政府才能够在法律授权下采取相关防疫措施，同时政府也才能使用政府预算支付强迫确诊病患住院的就诊费用。此前，日本政府应对中东呼吸道综合征、SARS、H5N1和H7N9禽流感病毒也采取同样模式。
在法律授权下，日本政府1月30日单独成立了疫情控制总部，以首相安倍为牵头人主导日本所有防疫工作。2月初，安倍先是引用《隔离法》将“钻石公主”号邮轮隔离在横滨港外海，后又根据《移民控制和难民条例》拒绝来自香港的邮轮“威士特丹”号进入日本。
但是随着2月份疫情不断升温，政府缺乏强制取消民间活动或禁止民众出行的法律依据。2月27日，安倍宣布全国学校停课三周，随即引来这项决定缺乏法律基础的批评。
在医疗资源供给方面，政府也无权随意要求企业配合。在日本国内开始出现口罩短缺的情况下，日本政府3月3日启动1973年紧急法第22条，强制要求制造商和进口商将口罩卖给厚生省，让厚生省能下发给疫情严重的北海道。
安倍政府自展开防疫政策以来一直担心政府贸然采取紧急防疫措施是否会违宪或破坏人权的问题，因而在2月推动国会就是否应修宪进行辩论，不过所有政党都反对将此问题抬高到修宪层级，安倍政府转而推动2012年出台的《新型流感等对策特别措施》修法工作。该法案最后在3月10日送到国会，国会在三天后批准，赋予安倍政府在疫情严重的时候宣布国家进入紧急状态、要求国民不能外出的权力。
日本医疗管理研究所理事长上昌广对《财经》记者指出，日本国民因为第二次世界大战中太平洋战争的痛苦回忆，对封城非常排斥，他个人也不赞成这样的防疫举措，从实用性而言封城是为了避免大都市里因为人口密度高引起的感染。目前从日本现有的确诊病例来看，问题并不在这里。根据新通过的法律，最可能的封城做法和决策将是交由地方首长自行决定，避免国家权力让民众觉得过于强大。
日本民众对政府建议其减少外出等呼吁确实一度不太上心，日本确诊病例数字低、死亡率低让不少民众认为疫情没那么严重。3月20日的长假周末，不少民众就像往年一样出游赏樱，被认为是卸下心房;到3月底为止，东京地铁也仍然人满为患。
2020年5月5日，日本东京，人们带着口罩在户外活动。5月4日，日本政府决定将全国的“紧急事态”实施措施再延长一个月。图/ 法新
押谷仁在4月1日记者会上呼吁全社会应参与配合防疫，他指出，“除非每个人都有保护日本的意识，否则我们将无法战胜病毒。”
隨着疫情升温，日本国内也开始讨论防疫体制安排是否适当以及日本是否应像美国设立疾病控制与预防中心（CDC）的争论。曾经负责世界卫生组织健康政策的涩谷贤二就指出，日本国立传染病研究所无法像美国疾控中心发挥类似功效，也缺乏同等级的专业能力，因此为了更有效回应疫情，应该考虑设立像疾控中心的机构。
不过，上昌广对《财经》记者解释，历史上日本陆军负责日本的传染病研究，而国立传染病研究所就是后来陆军传染病研究所的继承者，考虑日本的国情，他认为政府应该做的是增加国立传染病研究所的预算，而非另起炉灶再成立一个像美国疾控中心一样的机构。
根据“感染源应对组”的数据分析，导致日本确诊病例上升的两大感染源来自：医疗机构和福利院、餐厅和夜生活场所。
4月2日厚生省的统计显示，截至3月底，日本全国14个都道府县出现26起集体感染事件，而且主要发生在医疗机构和福利院，其中以东京永寿医院为中心造成的集体感染就达128例。
感染源应对小组分析显示，永寿医院的感染源可能来自1月18日的一场新年聚会，参会者感染后进入永寿医院治疗，再加上另一位自法国返回日本的患者，扩大传染给医护人员。之后，在永寿感染的患者又转院到庆应大学附属医院和国立癌症中心医院，疫情进一步蔓延到这两个医疗机构。
另一个形成大规模感染的是千叶县的残障人士福利机构“北总育成园”。千叶县政府在该机构一名厨房工作人员确诊后进行排查，没想到已经有至少57人感染。
让应对小组感到讶异的是九州岛的大分县医疗中心，该中心集体感染达24例，而主要传播源是应对小组调查许久才发现的医护休息室。上昌广指出，就是因为政府对筛检的高门槛导致大部分医院无法及时进行筛检，目前东京的确诊病例中20%都是住院的病患。“控制医院感染是目前防疫最主要的重点。”他对《财经》记者说。
除了医疗机构，另一个集体感染源是娱乐场所。3月15日，感染源应对小组就发现大阪4个现场表演场所2月中的演出造成了80多人感染;3月11日在名古屋的健身中心也造成至少36人感染。
尽管日本政府呼吁民众停止夜生活，下班后就回家，但是年轻人并未严肃看待传染病的危险，不少专家认为改变年轻人态度将是降低传播的重要因素。4月初，东京新宿歌舞伎町暴发集体感染，数十名女性工作人员和顾客陆续确诊;东京4月5日单日确诊数增加143例，东京总确诊数超过1000例。
政府近来试着通过网络和其他方式再三呼吁年轻人配合防疫。
为了准备接下来的疫情，日本政府正加紧增加床位，应对快速增加的确诊患者。日本原本传染病总床位数为2600个，安倍表示将把病床数增加到1.2万个，并将确保提供3000个呼吸机。
不过，日本政府也将希望放在富士胶片公司2014年投资研发的流感药法匹拉韦（Avigan或Favipiravir）。该药因为3月被中国科技部推荐为诊疗用药后，富士公司的化学部门也于4月开始临床实验，同时在日本政府的要求下加速生产，政府希望储备能治疗200万人的药量。
随着日本的确诊数在4月直线上升，日本首相安倍晋三于4月7日晚宣布东京、千叶、埼玉、神奈川、大阪、兵库和福冈七个都府县进入紧急状态，为期一个月。4月16日，范围扩至全国。5月4日，日本政府决定将全国的“紧急事态”实施措施再延长一个月。
进入“紧急事态”的地区，公共交通不会停驶、商业中心不会关门，也不会出动警力封锁道路。都道府县知事能够临时开设医疗设施;强制使用所需的土地和建筑物;要求所有者出售医药品、口罩和食品，并在特别有必要的时候进行征用;要求居民主动避免不必要、非紧急的外出;要求或指示停止使用学校、福利设施、电影院和博物馆等;要求或指示限制举办音乐、体育活动等。
美国并非第一个公开对日本疫情表示担忧的外国政府。3月底，德国驻日本使馆罕见地发表严厉措辞，“日本的官方感染率数字不能被当真，因为低筛检率，非常可能有一个很高的确诊病例数未被揭露。”
将近两个月的时间，全世界病毒专家的疑问或许快出现答案了。日本佛系防疫是否真有效控制住了疫情？日本会是例外吗？
日本1月中旬报告第一例确诊病例以来，确诊病例增速远低于其他国家，而且与去年同期相比，全国死亡人数也没有出现异常增长，日本的疫情发展让外界感到困惑。截至5月6日，日本本土确诊病例为15477例，其中东京4748例、大阪1698例，排在地方政府前两位。
日本疫情的扑朔迷离源于日本社会和政府与其他国家大不相同的习惯和文化。日本社会勤于戴口罩、与人保持距离，但日本政府严格管控筛检，导致筛检率太低，也没有强力执行让民众保持社交隔离的措施，这让日本疫情发展模型与其他国家不尽相同，外界雾里看花。
专家和医界人士批评安倍晋三政府为确保2020年东京奥运会能如期举办，选择通过低筛檢率来降低确诊数字，以维持疫情得到控制的假象。
对此，厚生劳动省大臣加藤胜信严重否认，他强调奥运会的推迟和确诊人数之间绝对没有联系。
但蹊跷的是，日本的确诊病例在国际奥委会3月24日宣布延期一年后开始直线上升。3月28日新增203例、3月30日东京单日增加68例，在日本受欢迎数十年的喜剧演员志村健在确诊10天后过世，他身边友人表示，“他死前都不知道自己感染了新冠病毒。”志村健的过世，对日本社会而言或者是一叶知秋，全日本的疫情开始延烧。
不少专家警告，日本的确诊病例可能只是冰山一角，接下来可能面临爆发式增长。
4月1日，日本一个医生团体召开“医疗系统危机”记者会，呼吁安倍政府尽快宣布国家进入紧急状态，同时呼吁民众配合遵守防疫措施，否则日本大城市的医疗系统将面临崩溃。
“你可以看得出来，我们（的疫情）马上将进入无法辨识大城市传染途径的阶段。”一名位于日本关西的病毒专家对《财经》记者表示。
筛检量一直不足
日本疫情升温和扩大筛检之间有多大关系仍然无从验证。尽管世界卫生组织的防疫指导指出，大规模筛检应该是各国防疫的第一步，但日本政府自疫情一开始就没打算遵循这个原则。
根据日本厚生劳动省统计，至4月3日，东京1350万人中只有3000多人接受过筛检;日本全国1.25亿人的筛检总量也仅有39466人。相较之下，人口数为5100万的韩国至4月3日已经对44万人次进行了筛检。至3月中旬，日本只动用了其筛检能力的六分之一。
全国的筛检门槛和筛检地点由安倍晋三主持的防疫会议在1月底讨论制定。负责执行的是日本国立传染病研究所（NIID）和分布在全国的83家公立医院。只有这些被指派负责处理疫情的医院有权获取筛剂，对疑似患者进行筛检。
至2月中旬，日本筛检的主要对象仍然仅限于有湖北旅游史或接触了具湖北旅游史的疑似病例，特别是自武汉撤离的日本侨民。接着，停靠在横滨外海的“钻石公主”号邮轮上3600多名乘客成为筛查重点。由于标准太过严苛，安倍在2月12日宣布筛检范围些微扩大到地方政府认定的疑似病例。同日，日本传染病研究所也放开私营检测机构参与执行筛检，扩大筛检能力。
习惯标准化作业的日本政府，2月16日由安倍首次主持召开新冠病毒专家会议，为筛检和治疗再次制定国家标准。参会的医疗专家考虑日本医疗资源，为筛检设立了一个正式的高门槛——同时具感冒症状且连续4天发烧（高过37.5摄氏度）的病人，或具慢性病老年人和孕妇如果感觉非常疲倦且呼吸困难超过2天，才能接受筛检。
在高门槛下，2月18日-24日，防疫单位总共筛检了6300例，如此严格的标准，导致很多发烧甚至已出现肺炎症状的病人无法得到检测，媒体将这些人称为“筛检难民”。很多医生因为无法替病人争取到筛检机会感到沮丧。日本医疗协会因而宣布将进行全国大调查，以图化解筛检的供需矛盾。
筛检范围到底应该多大在日本是个争论不休的问题，关键因素是日本死亡率并不高，如果只是轻症，防疫部门认为患者应该待在家里自行康复即可。部分专家认为，扩大筛检的意义不大。东京大学客座研究员久住英二指出，因为目前缺乏治疗的特效药，筛检对疾病的治疗没有决定性意义。曾经批评日本政府处理钻石公主号不当的日本神户大学传染病学教授岩田健太郎也指出，如果对每个轻症患者都进行筛检，日本医疗体系将无法负荷。
日本国立传染病研究所也解释称，严格的筛检门槛是为了将有限的医疗资源留给那些真正需要紧急救护的病例。厚生省官员佐原康之随后也为政策辩护，“有那个检测能力不表示我们需要全部用上……没必要给那些只是担心的人做筛检。”
严格控制筛检只是安倍主持的专家会议防疫政策的一部分。自第一个病例确诊6周后，2月24日的会议将日本的防疫目标设定为：避免大型群聚感染，降低重症病患的死亡率;同时考虑政府无法阻止人传人的情形下，试着减缓传播速度。
日本政府隔日以这些结论发布了“控制新型冠状病毒基本政策”，该政策要点包括：第一，地方医疗机构应建议有类似感冒症状的轻症患者在家中床上休息，避免到任何诊所和医院;具慢性病的老年高危人群也应避免到访任何医疗机构;第二，考虑到原本指派的专职机构负荷过重，疫情严重地区的其他医院也能接收疑似病患;第三，民众如果有感冒症状一定要待在家中避免出门，政府鼓励企业让员工在家工作，同时希望企业能取消大型活动。 在此政策下，2月25日厚生劳动省成立“感染源应对组”，由国立传染病研究所、北海道大学和东北大学组成。一旦地方政府发现感染源，该应对组就会前往调查，之后提出阻断感染源的措施建议。
但是，该调查组成立一个月后，在3月底发表第一份报告指出，无症状感染者导致完全分析出感染路径和排查可能相关接触人员困难重重。主导应对组的东北大学医学院教授押谷仁指出， 3月中旬因为欧美国家疫情暴发的影响，日本瞬间从相对顺利的第一阶段防堵进入难以排查的第二阶段。到3月底，想了解全日本的感染状况，只有对全部的人进行筛检。唯有尽早确认病例，尽早排除可能形成的传播链条才有可能控制住疫情。
修法和政策为骨架
日本政府看似不严厉的防疫措施饱受批评，不过外界没有理解的是，政府并不具备随意执行强力防疫措施的权力。
不同于其他政府和社会，出现各种突发意外和紧急事件时，日本社会要求每个人应该“自肃”（自我约束），但是政府并没有限制国民行动的权力。日本政府抗疫的每一步都需要考虑法律授权，政策制定过程由首相召开专家会议，接着设定各种机制让全国有遵循标准。
日本是中国以外最早发现确诊病例的国家之一。首个病例是一名曾到访过武汉的中国籍人士，1月6日回到日本，在1月10日-15日间检测呈阳性。安倍政府在1月24日即召开高级别内阁会议研拟对策。
政府的第一步是在《传染病控制法》下定义新冠肺炎为法定传染病的地位，如此政府才能够在法律授权下采取相关防疫措施，同时政府也才能使用政府预算支付强迫确诊病患住院的就诊费用。此前，日本政府应对中东呼吸道综合征、SARS、H5N1和H7N9禽流感病毒也采取同样模式。
在法律授权下，日本政府1月30日单独成立了疫情控制总部，以首相安倍为牵头人主导日本所有防疫工作。2月初，安倍先是引用《隔离法》将“钻石公主”号邮轮隔离在横滨港外海，后又根据《移民控制和难民条例》拒绝来自香港的邮轮“威士特丹”号进入日本。
但是随着2月份疫情不断升温，政府缺乏强制取消民间活动或禁止民众出行的法律依据。2月27日，安倍宣布全国学校停课三周，随即引来这项决定缺乏法律基础的批评。
在医疗资源供给方面，政府也无权随意要求企业配合。在日本国内开始出现口罩短缺的情况下，日本政府3月3日启动1973年紧急法第22条，强制要求制造商和进口商将口罩卖给厚生省，让厚生省能下发给疫情严重的北海道。
安倍政府自展开防疫政策以来一直担心政府贸然采取紧急防疫措施是否会违宪或破坏人权的问题，因而在2月推动国会就是否应修宪进行辩论，不过所有政党都反对将此问题抬高到修宪层级，安倍政府转而推动2012年出台的《新型流感等对策特别措施》修法工作。该法案最后在3月10日送到国会，国会在三天后批准，赋予安倍政府在疫情严重的时候宣布国家进入紧急状态、要求国民不能外出的权力。
日本医疗管理研究所理事长上昌广对《财经》记者指出，日本国民因为第二次世界大战中太平洋战争的痛苦回忆，对封城非常排斥，他个人也不赞成这样的防疫举措，从实用性而言封城是为了避免大都市里因为人口密度高引起的感染。目前从日本现有的确诊病例来看，问题并不在这里。根据新通过的法律，最可能的封城做法和决策将是交由地方首长自行决定，避免国家权力让民众觉得过于强大。
日本民众对政府建议其减少外出等呼吁确实一度不太上心，日本确诊病例数字低、死亡率低让不少民众认为疫情没那么严重。3月20日的长假周末，不少民众就像往年一样出游赏樱，被认为是卸下心房;到3月底为止，东京地铁也仍然人满为患。
押谷仁在4月1日记者会上呼吁全社会应参与配合防疫，他指出，“除非每个人都有保护日本的意识，否则我们将无法战胜病毒。”
隨着疫情升温，日本国内也开始讨论防疫体制安排是否适当以及日本是否应像美国设立疾病控制与预防中心（CDC）的争论。曾经负责世界卫生组织健康政策的涩谷贤二就指出，日本国立传染病研究所无法像美国疾控中心发挥类似功效，也缺乏同等级的专业能力，因此为了更有效回应疫情，应该考虑设立像疾控中心的机构。
不过，上昌广对《财经》记者解释，历史上日本陆军负责日本的传染病研究，而国立传染病研究所就是后来陆军传染病研究所的继承者，考虑日本的国情，他认为政府应该做的是增加国立传染病研究所的预算，而非另起炉灶再成立一个像美国疾控中心一样的机构。
集体感染是防范重点
根据“感染源应对组”的数据分析，导致日本确诊病例上升的两大感染源来自：医疗机构和福利院、餐厅和夜生活场所。
4月2日厚生省的统计显示，截至3月底，日本全国14个都道府县出现26起集体感染事件，而且主要发生在医疗机构和福利院，其中以东京永寿医院为中心造成的集体感染就达128例。
感染源应对小组分析显示，永寿医院的感染源可能来自1月18日的一场新年聚会，参会者感染后进入永寿医院治疗，再加上另一位自法国返回日本的患者，扩大传染给医护人员。之后，在永寿感染的患者又转院到庆应大学附属医院和国立癌症中心医院，疫情进一步蔓延到这两个医疗机构。
另一个形成大规模感染的是千叶县的残障人士福利机构“北总育成园”。千叶县政府在该机构一名厨房工作人员确诊后进行排查，没想到已经有至少57人感染。
让应对小组感到讶异的是九州岛的大分县医疗中心，该中心集体感染达24例，而主要传播源是应对小组调查许久才发现的医护休息室。上昌广指出，就是因为政府对筛检的高门槛导致大部分医院无法及时进行筛检，目前东京的确诊病例中20%都是住院的病患。“控制医院感染是目前防疫最主要的重点。”他对《财经》记者说。
除了医疗机构，另一个集体感染源是娱乐场所。3月15日，感染源应对小组就发现大阪4个现场表演场所2月中的演出造成了80多人感染;3月11日在名古屋的健身中心也造成至少36人感染。
尽管日本政府呼吁民众停止夜生活，下班后就回家，但是年轻人并未严肃看待传染病的危险，不少专家认为改变年轻人态度将是降低传播的重要因素。4月初，东京新宿歌舞伎町暴发集体感染，数十名女性工作人员和顾客陆续确诊;东京4月5日单日确诊数增加143例，东京总确诊数超过1000例。
政府近来试着通过网络和其他方式再三呼吁年轻人配合防疫。
为了准备接下来的疫情，日本政府正加紧增加床位，应对快速增加的确诊患者。日本原本传染病总床位数为2600个，安倍表示将把病床数增加到1.2万个，并将确保提供3000个呼吸机。
不过，日本政府也将希望放在富士胶片公司2014年投资研发的流感药法匹拉韦（Avigan或Favipiravir）。该药因为3月被中国科技部推荐为诊疗用药后，富士公司的化学部门也于4月开始临床实验，同时在日本政府的要求下加速生产，政府希望储备能治疗200万人的药量。
随着日本的确诊数在4月直线上升，日本首相安倍晋三于4月7日晚宣布东京、千叶、埼玉、神奈川、大阪、兵库和福冈七个都府县进入紧急状态，为期一个月。4月16日，范围扩至全国。5月4日，日本政府决定将全国的“紧急事态”实施措施再延长一个月。
进入“紧急事态”的地区，公共交通不会停驶、商业中心不会关门，也不会出动警力封锁道路。都道府县知事能够临时开设医疗设施;强制使用所需的土地和建筑物;要求所有者出售医药品、口罩和食品，并在特别有必要的时候进行征用;要求居民主动避免不必要、非紧急的外出;要求或指示停止使用学校、福利设施、电影院和博物馆等;要求或指示限制举办音乐、体育活动等。