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据初步调查，金汤孔玉自然保护区内的种子植物共381种．分属201属、68科。其中科可划为12个分布型或变型，属可划为23个分布型或变型。对科、属的区系分析结果表明，泛热带和温带性质的科占74．07％，热带性质的属占总属数的32．59％，北温带分布型的属占总属数34．25％，其他温带性质的属占总属数的15．47％；本地区与东亚一北美间断、东亚和墨西哥间断、地中海区、西亚一中亚、中亚一喜马拉雅、东亚、中国一喜马拉雅、中国一日本等分布区联系紧密。保护区有5种地域性特有种。区系特点是以温带性质为主、兼有热带性质，