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2009年国务院发布《中共中央国务院关于深化医药卫生体制改革的意见》和《医药卫生体制改革近期重点实施方案(2009~2011年)》，医药卫生信息管理系统建设作为医改四梁八柱中的一柱被首次提出。李克强总理也提出要求推进医疗优质资源共享，普及应用“居民健康卡”。新农合健康“一卡通”作为医药卫生信息化建设的重要组成部分，对推动医疗卫生改革和卫生信息化建设发展具有重要作用，不仅是医改的重要支撑，更是医疗卫生改革的重要内容。