构建基于20基因的急性髓系白血病预后生存模型

• 作 者: 何文君 石张镇 胡南均 孙延霞
• 机 构: 吉林大学中日联谊医院血液肿瘤科
• 出 处: 中国实验诊断学
• 发表日期: 2021年3期
• 关键词: 急性髓系白血病 机器学习 基因表达 预后模型
• 基金项目: 国家重点研发计划(2018YFC0116901,2018YFC1315604),吉林省卫生科研人才专项(2018SCZ031,2019SCZ055),吉林省卫生技术创新项目(3D517ED43430),吉林省科技发展计划项目(20180101124JC),吉林大学高层次科技创新团队建设项目(JLUSTIRT,2017TD-27)。

目的利用Firehose数据库的数据,分析与急性髓系白血病(AML)发生、发展及预后相关的分子标志物,构建基于机器学习算法的AML 1年预后模型。方法从GDC(Genomic Data Commons)的外部链接Broad Firehose数据库中下载关于AML患者的临床及转录组数据,筛选出符合要求的生存期及mRNA测序数据的病历共163例。运用R语言DESeq程序包进行差异表达基因的筛选,并应用R语言的Rattle程序包构建基于20基因的AML 1年预后生存模型。结果 EBF4、MTUS2、NT5E、A