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提高全要素生产率是推动经济高质量发展的关键,而创新驱动与新旧动能转换将加剧全要素生产率的空间不平衡,给区域协调发展带来新的压力。文章首次尝试将关系数据分析范式应用于地区经济差距研究,采用2001-2015年中国分省数据,利用二次指派程序实证考察全要素生产率与中国地区经济差距之间的关系。基于全样本、分时期和逐年的实证研究表明,全要素生产率对中国地区经济差距存在正向影响,但其影响强度远低于资本积累和城市化。在地区经济差距的诸多影响因素中,资本积累和城市化始终扮演主要角色。尽管全要素生产率对地区经济差距的影响强度呈现上升态势,但在短期内很难超越资本积累和城市化而成为中国地区经济差距的决定力量。因此,区域协调发展战略的实施需要更加注重发挥资本要素的空间均衡配置和城市化的空间均衡发展对于缩小地区经济差距的关键作用。同时在深化供给侧结构性改革进程中,应该更加积极地推动新动能的空间均衡发展,从而促使全要素生产率成为新时期区域经济协调发展的新动力。